ポイント
root ユーザで次の Perl ファイルを編集します。一般ユーザで sudo しても良いです。Logwatch が送るメールの件名を修正することが目的です。
vim /usr/share/logwatch/scripts/logwatch.pl
次のようにメールのタイトル部分をにEvernote のノート名（@）、タグ名（#）を追記します。
print OUTFILE "Subject: Logwatch for $Config{'hostname'} (${OStitle}) \n";
↓
print OUTFILE "Subject: Logwatch for $Config{'hostname'} (${OStitle}) \@Logwatch #Logwatch\n";