現在のフォルダから再帰的にファイルのみを削除するコマンド
del * /s /q
Windows 7 で行った方法ですけれども、Windows 8 でも 10 でも動くと存じます。
フォルダ構成のみをコピーするコマンド
xcopy /t /e コピー元パス コピー先パス
おわりに
「windows ファイルだけ削除」で調べましたら次のページで回答そのものがございました。ありがとう存じます！
また、「フォルダのみコピー」で調べましたら、ございますのね。手間としてはこちらのほうが短くなりますわね。
状況に応じて使い分けるのがよいかと存じます。
フォルダだけすでにコピーされていましたら、最初のフォルダだけ残して削除、がよいでしょうから。
以上です。