WinMerge の改行文字の違いを無視するよう設定します！

設定の変更方法

1. 編集(E) > 設定(O)…
2. 「カテゴリ」の「エディタ」を選択
3. 改行文字の違いを無視する(R)(Windows/Unix/Mac) にチェック
4. 「OK」

他に注意すること

F5 などで最新の情報に更新しても改行文字の違いは無視されません。別タブで読み込みなおすか、WinMerge を再起動する必要があります。